Hepatita C are mari asemanari clinico-elutive cu hepatita B, ceea ce a determinat initial pe unii autori sa sustina ca "nu exista hepatita C, ci doar B nediagnosticata inca".
Incubatia este lunga, intre 6 si 12 saptamani, uneori si mai lunga (pana la 6 si chiar 9 luni dupa unii autori). Cercetarile recente demonstreaza ca hepatita acuta este cel mai des infraclinica sau clinic atenuata, putand scapa observatiei in absenta probelor de laborator (in 90% din cazuri). Formele icterice sunt rare si elueaza, ca si hepatita B, pe o durata ceva mai lunga decat hepatita A. Pot aparea si forme severe, fulminante, cu insuficienta hepatica majora si sfarsit letal.

Caracteristica este tendinta elutiva catre persistenta infectei si cronicizare in peste 50% dintre cazuri (chiar pana la 80% dupa unele afirmatii). Nu este cunoscut mecanismul prin care virusul scapa raspunsului imun, stiind ca ARN viral nu poate fi integrat in genomul (ADN) celular. Se presupune aparitia unor mutante rezistente sau o capacitate de adaptare a virsului la un ritm scazut de replicare, care sa nu afecteze celula.In aceasta perioada, de obicei asimptomatica, poate aparea un grad de astenie, testele de laborator confirmand diagnosticul de elutie cronica.